Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf.

Ce film met en avant pour la première fois à l'écran le Pokémon légendaire Arceus, qui serait à l'origine du monde. Nos 3 héros arrivent dans la région de Michina et s'arrêtent pour faire une pause dans la rivière en se baignant. Des pastèques apparaissaient, alors que Aurore et Sacha tentaient de les prendre, deux dresseurs arrivaient et leurs confirmait que les pastèques leurs appartiennent mais qui ont été égarées par le courant de l'eau.