Les grands affrontements dans le monde des ninjas appartiennent désormais au passé. Le village de Konoha est entré dans une ère de paix. Boruto, le fils du 7e Hokage, vit mal d’être dans l’ombre de son éminent paternel. Il ne se doute pas qu’une nouvelle menace plane sur eux… La légende de la nouvelle génération commence maintenant !

L'histoire se déroule dans un univers post-apocalyptique où la population a presque été anéantie par de puissantes créatures démoniaques appelée Aragami. Pour sauver l’humanité, un groupe pharmaceutique a créé une arme organique, les Jinki, qui tire sa force en dévorant les Aragami. Ces armes ont pour particularité de fusionner avec quelques humains et représentent l’unique moyen d’éliminer ces monstres. On suit les membres de l’organisation Fenrir à travers différentes mission, qui combattent les Aragami en utilisant les Jinki.

Bienvenue à Nyallywood, la Mecque du cinéma où Pompo est la reine des films commerciaux à succès. Le jour où elle décide de produire un film d'auteur plus personnel, elle en confie la réalisation à son assistant Gene. Lui qui en rêvait secrètement sera-t-il à la hauteur ?